Pada awal penubuhan JKSM, bahagian ini dikenali sebagai cawangan Pendaftaran Kes dengan merujuk kepada Waran Perjawatan Bil. A31 Tahun 2004 yang diketuai oleh seorang Pegawai Syariah gred LS48. Melalui Waran Perjawatan Bil. A 62 Tahun 2008, cawangan Pendaftaran telah ditukar menjadi Bahagian Pendaftaran, Keurussetiaan dan Rekod yang diketuai oleh seorang Pengarah gred LS 52 (LS13). Empat (4) Seksyen di Bahagian Pendaftaran, Keurussetiaan dan Rekod (BPKR) iaitu:
i. Seksyen Pendaftaran Rayuan
ii. Seksyen Pendaftaran Sulh
iii. Seksyen Keurussetiaan
iv. Seksyen Rekod

Setiap seksyen diketuai oleh seorang Ketua Penolong Pengarah gred LS 12. Bermula 1 April 2022, Unit Transformasi E-Syariah (U-Tes) telah ditubuhkan dan diletakkan di bawah pengawasan Seksyen Rekod.

a) Seksyen Pendaftaran Rayuan
i. Menguruskan Kes-Kes rayuan, semakan dan pengawasan di Mahkamah Rayuan Syariah seluruh Malaysia yang menggunakan panel hakim rayuan JKSM
ii. Pembinaan Arahan Amalan Mahkamah Syariah
iii. Pembinaan kaedah, garis panduan dan Tatacara Pengendalian Piawai (SOP) berkaitan dengan proses rayuan dan semakan
iv. Pemantauan Pematuhan Arahan Amalan di JKSN/MSN
v. Melaksanakan taklimat Pemahaman Arahan Amalan Seluruh Malaysia;
vi. Memastikan Indikator Petunjuk Prestasi (KPI) berkaitan dengan pengurusan rayuan dan semakan tercapai

b) Seksyen Pendaftaran Sulh
i. Mengawal selia dan memantau perjalanan kes Sulh di Mahkamah Syariah seluruh Malaysia;
ii. Menguruskan Mesyuarat Ketua-ketua Sulh, Muzakarah Pegawai Sulh, Task Force Sulh dan Retreat Pegawai Sulh seluruh Malaysia;
iii. Menyelia pengumpulan statistik kes-kes Sulh setiap bulan;
iv. Mengumpul Enakmen/ Akta/ Ordinan Tatacara Mal Sulh, Manual Kerja Sulh, Arahan-arahan Amalan, Pekeliling-pekeliling Ketua Hakim Syarie JKSM/Negeri-Negeri dan Akta-Akta lain yang berkaitan dengan kes-kes Sulh untuk tujuan rujukan dan pengetahuan Pegawai-pegawai Sulh seluruh Malaysia;
v. Memastikan kes-kes Sulh berjalan dengan lancar dan bertanggungjawab untuk melihat perkembangan kes-kes Sulh seluruh Malaysia;
vi. Kolabrasi bersama Mahkamah Syariah dengan mengadakan sesi lawatan kerja dalam usaha untuk menyelaras Prosedur Sulh dan menyelesaikan masalah-masalah yang dihadapi oleh Pegawai-pegawai Sulh;
vii. Menganjurkan program berkaitan dengan literasi Sulh kepada orang awam/Masyarakat;
viii. Menguruskan Mesyuarat Jawatankuasa Naziran Pertindihan Kes;
ix. Menyediakan draf kaedah-kaedah Sulh, hakam dan Jawatankuasa Pendamai (JKP)
x. Mengurusetiakan program Persijilan Profesional Sulh-Mediasi bersama USIM

c) Seksyen Keurussetiaan
i. Menguruskan Persidangan Pegawai Syariah Seluruh Malaysia
ii. Menguruskan Mesyuarat Ketua-Ketua Hakim Syarie Seluruh Malaysia
iii. Menguruskan Muzakarah Hakim Mahkamah Tinggi Syariah seluruh Malaysia
iv. Menguruskan Mesyuarat Ketua-Ketua Pendaftar Seluruh Malaysia
v. Menguruskan Wacana Ketua Pengarah/ Ketua Hakim Syarie JKSM
vi. Menguruskan Persidangan Ketua-Ketua Pendaftar Nikah Cerai Ruju’ dan Ketua-Ketua Pendaftar Mahkamah Syariah Seluruh Malaysia Secara Bergilir bagi tujuan menyelaras Prosedur Perkahwinan Islam diterima pakai di Negeri-Negeri
vii. Menguruskan Muzakarah Hakim-Hakim Syarie Borneo (Sabah, Sarawak dan WP Labuan)
viii. Menguruskan Muzakarah Ketua Pengarah/ Ketua Hakim Syarie JKSM bersama Pegawai Syariah di Jabatan Peguam Negara (AGC), Pejabat Penasihat Undang-undang (PPUUN/ALAS), Jabatan Bantuan Guaman (JBG), Jabatan Pendakwaan Syariah (JAPENS) dan Kementerian Pembangunan Wanita Keluarga dan Masyarakat (KPWKM);
ix. Menguruskan Persidangan atau program di peringkat Nusantara dan Antarabangsa

d) Seksyen Rekod
i. Memastikan pengurusan fail dan rekod di JKSM/JKSN/MSN adalah teratur mengikut peraturan pengurusan rekod terkini;
ii. Menyelia pengurusan Galeri Kehakiman JKSM
iii. Melaksanakan Mesyuarat/ Muzakarah Pegawai Rekod Jabatan dan Pembantu Tadbir Rekod Jabatan
iv. Melaksanakan Mesyuarat Jawatankuasa Tadbir Urus (JKTUR) dan Mesyuarat Pengurusan Galeri Kehakiman JKSM
v. Mengurus pengumpulan rekod-rekod alasan penghakiman terpilih dari JKSN/MSN seluruh Malaysia.
vi. Mengurus pengurusan registri Jabatan melalui Sistem Pengurusan Rekod Elektronik (DDMS)
vii. Mengurus dan memantau aktiviti pengurusan pelupusan rekod di JKSM/JKSN/MSN
viii. Mengurus program inspektorat pengurusan rekod di JKSM/JKSN/MSN
ix. Mengurus pengumpulan rekod-rekod konvensional dan elektronik yang dikeluarkan oleh JKSM/JKSN/MSN
x. Mengurus penyediaan panduan dan risalah berkala berkenaan pengurusan rekod

e) Unit Transformasi E-Syariah (U-Tes)
i. Memastikan pelaksanaan penambahbaikan system E-Syariah berjalan dengan lancar dan berkesan;
ii. Merangka pelan pengurusan perubahan (change management) bagi pegawai-pegawai Mahkamah Syariah di Seluruh Malaysia dalam mengadaptasi Transformasi E-Syariah.
iii. Merangka pelan pengurusan Subject Matter Expert (SME) bagi keperluan digital syariah di bawah Transformasi E-Syariah.
iv. Merangka Pelan Transformasi E-Syariah bagi memastikan perkembangan E-Syariah sesuai dengan keperluan operasi semasa Mahkamah Syariah.
v. Menyelaras Keperluan Sistem E-Syariah (system requirement) melalui program-program libat urus bersama JKSN/MSN.
vi. Merangka Penyelarasan Program Inovasi berteraskan digital dan elektronik bagi Mahkamah Syariah di Malaysia.
vii. Merangka pengurusan penyaluran maklumat baharu berkaitan Mahkamah Syariah kepada pengamal undang-undang syariah dan masyarakat melalui platform digital yang bersesuaian